El Tribunal Supremo ha establecido que el Informe del Ministerio de Ciencia e innovación sobre las deducciones fiscales por Innovación Tecnológica es vinculante para la Agencia Tributaria (AEAT). Estas sentencias anulan las resoluciones de la Audiencia Nacional que habían apoyado informes internos de la AEAT que contradecían el informe del Ministerio.
Según la Ley, el informe del Ministerio es vinculante en todos los aspectos, incluyendo la calificación de los proyectos y los gastos asociados, y no puede ser cuestionado por otros informes internos de la AEAT. El Tribunal afirma que la AEAT no puede generar pruebas internas que contradigan un informe vinculante por ley, especialmente si estas pruebas no han sido sometidas a un proceso imparcial ni revisadas por expertos.
Como resultado, se han anulado las tres sentencias de la Audiencia Nacional de finales del 2022, en las que cambiaban el criterio respecto a la posibilidad de aplicar la deducción por Innovación Tecnológica (IT) en el Impuesto sobre sociedades a proyectos consistentes en el desarrollo de aplicación informáticas y producción de software y limitaban el alcance de esta deducción para estos proyectos, decidiendo no admitir gastos de los mismos que habían sido previamente admitidas por el Ministerio de Ciencia e innovación, mediante la emisión de un Informe Motivado Vinculante.
El Tribunal Supremo empezó a estudiar este asunto en octubre de 2023, después de admitir un recurso para crear jurisprudencia sobre el valor y alcance de los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e innovación. La cuestión era determinar si la AEAT tenía la autoridad para negar cualquier deducción relacionada con innovación tecnológica, cuando esta calificación ya había sido otorgada por la Administración del Estado.
El Tribunal Supremo concluyó que los preceptos en estos informes tienen que ser respetados y que «no pueden ser cuestionados ni ignorados por los órganos de la Administración Tributaria». Las sentencias subrayan que el artículo 35.4 de la ley del Impuesto sobre sociedades permite que las empresas soliciten un informe al Ministerio de Ciencia e innovación para obtener la deducción fiscal por innovación tecnológica, el cual es «vinculante» por el AEAT. Según el TS, este informe vincula a la AEAT no solo en la calificación del proyecto como innovación tecnológica, sino también en la evaluación de los gastos e inversiones asociados presentados por las empresas.